《科學》最新一期封面
史無前例！北京時間3月10日凌晨三點出版的國際頂級學術期刊《科學》，以封面的形式同時刊發了中國科學家的4篇研究長文！
由天津大學、清華大學和華大基因分別完成的這4篇長文，介紹了生物合成研究的最新突破：完成了4條真核生物釀酒酵母染色體的從頭設計與化學合成——要知道，釀酒酵母總共有16條染色體，此前國際同行奮斗多年才發現了1條。
在合成染色體的過程中，他們還突破了生物合成方面的多項關鍵核心技術，比如：突破合成型基因組導致細胞失活的難題，設計構建染色體成環疾病模型，開發長染色體分級組裝策略，證明人工設計合成的基因組具有可增加、可刪減的靈活性，等等。這些技術將幫助在全世界的生命科學研究和相關實際應用中大顯身手，其價值不可估量。
國內外同行指出，這是繼合成原核生物染色體之后的又一里程碑式突破，有望開啟人類“設計生命、再造生命和重塑生命”的新紀元。
人工合成酵母染色體，意義何在？
曾參與人類基因組測序計劃的華大基因理事長楊煥明院士介紹說，合成生物學(Synthetic Biology)是繼“DNA雙螺旋發現”和“人類基因組測序計劃”之后，以基因組設計合成為標志的第三次生物技術革命。他指出，生物學界內最重要的分類依據，既不是植物和動物，也不是多細胞和單細胞生物，而是以原核生物和真核生物來區分。“細菌、病毒等原核生物的基因組相對簡單，而動物、植物、真菌等等真核生物的基因(DNA)既豐富又復雜，通常會包含數億至甚至數十億堿基對信息。同時，作為遺傳物質的DNA通常被分配到不同的染色體中，而這些染色體又深藏在細胞核的特定區域。所以，合成一個真核生物的基因組是一項非常艱巨的任務。但是，如果生物學真正做到引領技術革命，合成真核生物基因組技術必將發揮非常核心的作用。”
為完成設計和化學再造完整的釀酒酵母基因組，國際科學界發起了釀酒酵母基因組合成計劃(Sc2.0計劃)，這是合成基因組學(Synthetic genomics)研究的標志性國際合作項目。該項目由美國科學院院士杰夫·伯克發起，有美國、中國、英國、法國、澳大利亞、新加坡等多國研究機構參與并分工協作，試圖重新設計并合成釀酒酵母的全部16條染色體(長約12Mb，1Mb是百萬堿基對)。
天津大學化工學院教授元英進是最早參與該計劃的中國科學家，此次在《科學》期刊上以通訊作者身份發表了2篇論文。他告訴記者，如同科學實驗中經常使用的果蠅、斑馬魚，釀酒酵母是生物學研究中的“模式真核單細胞生物”。“如果說病毒基因組的合成開啟了基因組化學合成研究，那么原核生物和真核生物基因組合成研究的不斷突破，則初步實現了化學全合成基因組對單細胞原核生物和真核生物的生命調控。“釀酒酵母是第一個被全基因組測序的真核生物，大尺度的設計和重建酵母基因組是對目前酵母領域知識貯備的真實性、完整性和準確性的一個直接考驗。化學合成酵母，一方面可以幫助人類更深刻地理解一些基礎生物學的問題，另一方面可以通過基因組重排系統，使酵母實現快速進化，得到在醫藥、能源、環境、農業、工業等領域有重要應用潛力的菌株。”
我國科學家在合成酵母中發現了什么？
2014年，Sc2.0已創建了一個單一的人工酵母染色體。此次國際合作，中外科學家們共完成了5條染色體的化學合成，其中中國科學家完成了4條，占完成數量的66.7%，把Sc2.0計劃向前推進了一大步。
其中，元英進帶領的天津大學團隊完成了5號、10號(synV、synX)染色體的化學合成，并開發了高效的染色體缺陷靶點定位技術和染色體點突變修復技術；戴俊彪研究員帶領清華大學團隊完成了當前已合成染色體中最長的12號染色體(synXII)的全合成；深圳華大基因研究院團隊聯合英國愛丁堡大學團隊完成了2號染色體(synII)的合成及深度基因型－表型關聯分析。
“人工合成基因組的尺度和復雜度的不斷提升，向科學界對生物體運作方式以及生命本質的認知提出了越來越大的挑戰。在基因組尺度的DNA合成中面臨的一個巨大挑戰，是定位人工基因組中影響細胞長勢的序列，即缺陷(bug)。常規的排除缺陷(debugging)的方法有三種，都有費時耗力、效率不高的缺點。”元英進團隊成員、“10號染色體”文章第一作者、天津大學博士生吳毅介紹說：在合成長達770kb(kb：千堿基對)的釀酒酵母10號染色體的過程中，我們創建了基因組缺陷靶點快速定位與精確修復方法，解決了全化學合成基因組導致細胞失活的難題。我們所得到的全合成酵母染色體具備完整的生命活性，能夠成功調控酵母的生長，并具備各種環境響應能力。此方法在化學合成基因組研究中具有普適性，并且作為一種新穎的表型和基因組關聯性分析的策略，有望顯著提升我們對基因組結構和功能的認知。”
“5號染色體”文章第一作者、天津大學博士生謝澤雄說，在全面推進Sc2.0計劃的過程中，我們建立了基于多靶點片段共轉化的基因組精確修復技術和DNA大片段重復修復技術，解決了超長人工DNA片段的精準合成難題。同時，我們首次實現了真核人工基因組化學合成序列與設計序列的完全匹配，系統性支撐與評價了當前真核生物的設計原則。該技術的突破為研究人工設計基因組的重新設計、功能驗證與技術改進奠定了基礎。利用化學合成的酵母5號染色體定制化建立了一組環形染色體模型，通過人工基因組中設計的特異性水印標簽實現對細胞分裂過程中染色體變化的追蹤和分析，為研究當前無法治療的環形染色體疾病、癌癥和衰老等發生機理和潛在治療手段提供了了研究模型。此外，我們發展了多級模塊化和標準化基因組合成方法，創建了一步法大片段組裝技術和并行式染色體合成策略，實現了由小分子核苷酸到活體真核染色體的定制精準合成。”
清華大學的戴俊彪團隊，則設計合成了12號染色體。在研究中，他們開發了長染色體分級組裝的策略，即：首先通過大片段合成序列，在6個菌株中分別完成了對染色體不同區域內源DNA的逐步替換；然后利用酵母減數分裂過程中同源重組的特性，將多個菌株中的合成序列進行合并，獲得完整的合成型染色體。針對12號染色體上存在的高度重復的核糖體RNA編碼基因簇進行刪除及工程化改造，并利用修改后的重復單元在基因組多個位點重建了核糖體RNA編碼基因簇。“該工作奠定了未來對其他超大、結構超復雜的基因組進行設計與編寫的基礎，同時也證明了酵母基因組中rDNA(核糖體DNA)區域及其他序列均具有驚人的靈活度與可塑性。”戴俊彪表示。
深圳華大基因研究院與英國愛丁堡大學共同完成2號染色體的從頭設計與全合成(長770 Kb)，合成酵母菌株展現出與野生型高度相似的生命活性。該論文的第一作者、深圳國家基因庫合成與編輯平臺負責人沈玥介紹說，科研人員使用“貫穿組學(Trans-Omics)”方法，從表型、基因組、轉錄組、蛋白質組和代謝組五個層次系統地進行基因型－表現型的深度關聯分析，證明了人工設計合成的釀酒酵母基因組可增加、可刪減的高度靈活性。”
令人欣喜的是，華大基因與愛丁堡大學合成的酵母菌株，不僅與野生型有高度相似的生命活性，而且對環境的適應性大大加強，其進化速度呈幾何級提高。
人工合成4條酵母染色體，價值幾何？
“2000年公布的人類基因組測序，中國只承擔了百分之一的工作，這次我們完成了釀酒酵母染色體合成的四分之一，可以說是中國在合成生物學領域取得的突破性成果，進一步奠定了我國在這一領域的國際地位。”楊煥明說，“兩相比較，不難看出我們在生命科學研究領域的巨大進步。在釀酒酵母設計與合成研究中，我們已由‘跟跑’轉為‘并跑’，今后‘領跑’也不是不可能。”
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